Tłumacz Dusz (Soul Translator) to najnowocześniejszy interfejs pełnego zanurzenia (full-dive), który wchodzi w interakcję z Fluktulightem użytkownika – technologicznym odpowiednikiem ludzkiej duszy – i fundamentalnie różni się od ortodoksyjnej metody wysyłania sygnałów do mózgu. Prywatny instytut Rath dąży do udoskonalenia swojego dzieła, zaciągając pomoc Kazuto Kirigayi, który przeżył Sword Art Online. Pracuje on tam na pół etatu, aby przetestować możliwości systemu w Podświecie (Underworld): fantastycznym świecie generowanym przez Tłumacz Dusz. Zgodnie z umową o poufności, wszelkie wspomnienia stworzone przez maszynę w świecie wirtualnym są wymazywane po powrocie do świata rzeczywistego. Kazuto jest w stanie jedynie niewyraźnie przypomnieć sobie jedno imię, Alice, które wywołuje poczucie niepokoju, gdy jest wspominane w rzeczywistości.
Kiedy Kazuto pewnego wieczoru odprowadza Asunę Yuuki do domu, natrafiają na znajomego wroga. Kazuto zostaje śmiertelnie ranny w wyniku walki i traci przytomność. Kiedy się budzi, odkrywa, że dokonał pełnego zanurzenia w Podświecie i wydaje się, że nie ma stamtąd ucieczki. Wyrusza na misję, ponownie szukając sposobu na powrót do świata fizycznego.
