Życie z powrotem na statku wycieczkowym, po Specjalnym Egzaminie na Wyspie, jest dalekie od spokojnego. Niemal natychmiast po powrocie, uczniowie pierwszego roku Tokijskiego Liceum Zaawansowanej Opieki Miejskiej stają w obliczu kolejnego specjalnego egzaminu, w którym stawką są zarówno punkty klasowe, jak i indywidualne.
Oprócz skomplikowanego zestawu zasad, pojawiają się kolejne problemy w postaci Kakeru Ryuuen i Kei Karuizawy. Rozgniewany wynikiem poprzedniego testu, Ryuuen jest zdeterminowany, by prześcignąć każdą klasę w nowym wyzwaniu, używając wszelkich niezbędnych środków. Tymczasem Karuizawa, kluczowy filar Klasy D, jest bliska załamania pod presją swojej przeszłości.
Scena jest teraz gotowa dla Kiyotaki Ayanokoujiego, aby ponownie – wykorzystując w pełni swoje planowanie, przewidywanie i bezwzględną manipulację – poprowadzić Klasę D do zwycięstwa, podczas gdy niebezpiecznie zbliżające się siły wroga próbują ją zniszczyć.
