Piętnaście lat po kataklizmie znanym jako Drugie Uderzenie, świat staje w obliczu nowego zagrożenia: potworne niebiańskie istoty zwane Aniołami najeżdżają Tokio-3 jeden po drugim. Ludzkość nie jest w stanie obronić się przed nimi, mimo wykorzystania najnowocześniejszej amunicji i taktyk wojskowych. Jedyna nadzieja na ocalenie ludzkości spoczywa w rękach NERV – tajemniczej organizacji dowodzonej przez chłodnego Gendou Ikariego. NERV operuje gigantycznymi humanoidalnymi robotami zwanymi „Evangelionami”, aby walczyć z Aniołami przy użyciu najnowocześniejszego uzbrojenia i barier ochronnych znanych jako Pola A.T. (Absolute Terror Fields).
Lata po porzuceniu przez ojca, Shinji Ikari, 14-letni syn Gendou, powraca do Tokio-3. Shinji toczy nieustanną wewnętrzną walkę z głęboko ukrytą traumą spowodowaną utratą matki i emocjonalnym zaniedbaniem, którego doświadczył ze strony ojca. Przerażony otwarciem się na innych, Shinji doświadcza życiowej zmiany po spotkaniu z 29-letnią Misato Katsuragi, wysoką rangą oficer NERV, która okazuje mu swobodną, matczyną życzliwość, jakiej nigdy wcześniej nie zaznał.
Niszczycielski atak Anioła zmusza Shinjiego do działania, gdy Gendou ujawnia prawdziwy powód sprowadzenia syna z powrotem do Tokio-3: Shinji jest jedynym dzieckiem zdolnym do efektywnego pilotowania Evangeliona Jednostki-01, nowego robota, który synchronizuje się z jego biometrią. Mimo brutalnej traumy psychicznej spowodowanej pilotowaniem Evangeliona, Shinji broni Tokio-3 przed zagrożeniem ze strony Aniołów, nieświadomy mrocznych machinacji swojego ojca.
