Yato i Yukine w końcu naprawili swoją relację jako bóg i Regalia. Jako pomniejsze i nieznane bóstwo, Yato nadal podejmuje się dorywczych prac za pięć jenów za sztukę, mając nadzieję, że pewnego dnia będzie miał miliony wyznawców i własną wielką świątynię. Nie udało mu się jeszcze naprawić rozchwianej duszy Hiyori Iki, ale mimo to z radością przygotowuje się do liceum.
Choć pozornie wszystko wraca do normy, skomplikowana historia Yato i Bishamon – bogini wojny i wojowników – powraca. Bishamon żywi do Yato tajemniczą, dawną urazę, która prowadzi do gwałtownych starć między nimi. Co więcej, najbardziej zaufana Regalia Bishamona, Kazuma, jest dłużna Yato. Gdy w grę wchodzi życie, rozwikłanie tych sekretów jest prawdopodobnie jedynym sposobem na naprawienie błędów przeszłości.
