Jako dziecko, Riki Naoe odciął się od świata z powodu diagnozy narkolepsji po tragicznej śmierci rodziców. Jednak Riki zostaje uratowany, gdy pewnego pamiętnego dnia chłopiec o imieniu Kyousuke rekrutuje go do drużyny, która nazywa się Little Busters. Towarzyszą mu Masato, Kengo i Rin, ci outsiderzy spędzają dzieciństwo walcząc ze złem i ciesząc się młodością.
Lata mijają i nawet w liceum zżyci koledzy z drużyny pozostają razem. Kyousuke postanawia na nowo rozpalić Little Busters, tworząc drużynę baseballową, ponieważ będzie to jego ostatni rok szkolny z nimi. Mają jednak problem: brakuje im członków! Role się odwróciły, ponieważ teraz nadeszła kolej Rikiego, aby wyciągnąć rękę i zrekrutować nowych przyjaciół do Little Busters, tak jak Kyousuke kiedyś zrobił to dla niego.
Nagle pojawia się znak – Rin znajduje dziwny list przyczepiony do jej kota, zlecający im zadanie odkrycia „sekretu tego świata” poprzez wykonanie określonych zadań. Czym właściwie jest ten sekret i dlaczego jest ukrywany? To właśnie Mali Busterzy muszą go odkryć!
