Przeprowadzając niszczycielski ataki z zaskoczenia, latający ninja z Kraju Nieba szukają zemsty na swoim dawnym wrogu – wiosce Konohagakure. Mimo palącej chęci dołączenia do walki, Naruto Uzumaki zostaje zatrzymany przez Shinnou, tajemniczego lekarza, który potrzebuje jego pomocy w ratowaniu rannych. Podczas transportu poszkodowanych do szpitala, Naruto niespodziewanie spotyka Amaru – porywczego młodzieńca z sąsiedniej wioski, który desperacko szuka wsparcia Shinnou.
W międzyczasie, gdy najeźdźcy wycofują się, by zregenerować siły, Tsunade wysyła mały zespół (w składzie: Sai, Shikamaru Nara i Kakashi Hatake), by uderzyli w ich bazę. Jednocześnie zleca Naruto, Sakurze Haruno i Hinacie Hyuuga eskortowanie Shinnou i Amaru w ich podróży. W tym samym czasie Orochimaru snuje własne intrygi: rozkazuje Sasuke Uchiheadowi sprowadzić lekarza specjalizującego się w technice reinkarnacji.
Gdy grupa eskortująca przypadkowo odkrywa mroczną prawdę stojącą za atakami, w ruch zostają wprawione złowrogie plany. Jednak nawet w obliczu nieoczekiwanego spotkania po latach, Naruto nie spocznie w dążeniu do zakończenia wojny i powstrzymania jej katastrofalnych skutków.
