Gdy zagrożenie ze strony Aniołów narasta, siły obronne ludzkości zostają wystawione na próbę, a NERV staje na czele walki. Shinji Ikari i jego partnerka Rei Ayanami korzystają z pomocy dwójki nowych pilotów: porywczej Asuki Langley Shikinami i tajemniczej Mari Illustrious Makinami.
Z pomocą zmechanizowanych jednostek Evangelion, wyposażonych w broń idealną do walki z potwornymi przeciwnikami, czwórka młodych dusz desperacko walczy o ochronę bliskich i zapobieżenie zbliżającej się apokalipsie. Ale gdy na jaw wychodzą przerażające sekrety, czy największym wyzwaniem bohaterów okażą się potwory… czy sama ludzkość?
