Po nieudanej próbie NERV odzyskania Włóczni Longinusa i przeprowadzenia Projektu Instrumentalności Człowieka, zniszczenia spowodowane przez Czwarte Uderzenie zostały w dużej mierze zażegnane. W stanie chaosu Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami i Rei Ayanami udają się do Wioski 3 – osady ocalałych, wolnej od ziemskiej ruiny. Tam Shinji powoli godzi się ze swoją przeszłością, rozwijając zupełnie inne życie niż za czasów pilota Evangeliona.
Tymczasem NERV przygotowuje się do kontynuacji Projektu Instrumentalności za pomocą nowego Uderzenia. Kiedy główny pancernik powietrzny WILLE’A przybywa do wioski, Shinji decyduje się na abordaż, wierząc, że może pomóc, pilotując Evangeliona. Wraz z odkrywaniem nowych sekretów i zbliżającą się bitwą między WILLE’EM a NERV-em, przyszłość Ziemi wisi na włosku. Czy Shinji zdoła uratować ludzkość i resztę świata po raz ostatni?
