Dawno temu wszyscy ludzie żyli pod wodą. Jednak z czasem część z nich zaczęła preferować ląd i na stałe opuściła oceaniczne głębiny. W konsekwencji zostali oni pozbawieni danego im przez boga daru zwanego „Ena”, który umożliwiał oddychanie pod wodą. Z biegiem lat przepaść między mieszkańcami morza a ludźmi z powierzchni stale się powiększała, choć kontakt między obiema nacjami nigdy nie został całkowicie zerwany.
Nagi no Asukara śledzi losy Hikariego Sakishimy i Manaki Mukaido oraz ich przyjaciół z dzieciństwa – Chisaki Hiradairy i Kaname Isakiego. Gdy ich podmorska szkoła zostaje zamknięta, grupa jest zmuszona przenieść się na powierzchnię, by tam kontynuować naukę. Na lądzie poznają Tsumugu Kiharę – rówieśnika i młodego rybaka, który żywi ogromny podziw i miłość do morza.
Życie Hikariego i jego przyjaciół nieodwracalnie się zmienia. Muszą oni stawić czoła głęboko zakorzenionym uprzedzeniom i dyskryminacji dzielącej oba światy, burzom we własnym życiu uczuciowym, a także nadciągającemu, potężnemu kataklizmowi, który może przynieść zagładę wszystkim mieszkańcom powierzchni.
