Podczas gdy napięcie między światem magii a Miastem Akademickim nieustannie rośnie, Touma Kamijou i jego zdolna do negacji wszystkiego dłoń muszą stawić czoła zarówno potężnym esperom, jak i bezwzględnym magom, aby chronić życie swoich bliskich. Oczywiście chłopak nie jest osamotniony w tej walce – u jego boku lub działając w ukryciu, do gry wkraczają dawni oraz zupełnie nowi sojusznicy i wrogowie, by wesprzeć go w nadchodzących starciach.
Toaru Majutsu no Index II kontynuuje pełną akcji i humoru opowieść, podczas gdy skala bitew toczonych przez Toumę i jego przyjaciół staje się coraz większa. Na horyzoncie powoli dojrzewa potężny, globalny konflikt, a magia i nauka po raz kolejny skrzyżują swoje ścieżki w nadchodzącej wojnie.
