Podczas gdy inne szkoły w Japonii rywalizują o tytuł najlepszej drużyny piłkarskiej w kraju, klub piłki nożnej Gimnazjum Raimon – tytułowa Inazuma Eleven – desperacko walczy o przetrwanie na skraju całkowitego rozwiązania. Mamoru Endou, wnuk bramkarza pierwszej generacji legendarnych Inazumów oraz obecny kapitan zespołu, podejmuje się wyzwania przywrócenia dawnej chwały temu od dawna zaniedbanemu klubowi. Aby tego dokonać, będzie potrzebował odrobiny pomocy i więcej niż odrobiny szczęścia.
Iskra nadziei dla Mamoru pojawia się wraz z przybyciem Shuuya Gouenjiego – genialnego, młodego napastnika, który z osobistych powodów porzucił grę w piłkę. Endou jest zdeterminowany, by sprowadzić Gouenjiego oraz innych nowych rekrutów do swojej drużyny, bez względu na cenę. Czy jego niezłomna pasja i determinacja wystarczą, by uzdrowić podupadający klub? Czy też dla zespołu z Raimon nie ma już żadnej nadziei?
