Tenma Matsukaze jest nowo przyjętym uczniem Gimnazjum Raimon. Z racji swojej wielkiej miłości do piłki nożnej decyduje się dołączyć do szkolnej drużyny, która zyskała światową sławę po niesamowitym występie dziesięć lat wcześniej w turnieju Football Frontier International. Niestety, dawniej renowowana szkoła nie posiada już tego samego ducha walki, którym czarowała przed laty.
Wynika to przede wszystkim z faktu, że futbol w Japonii znajduje się obecnie pod całkowitą kontrolą mrocznej i bezwzględnej organizacji znanej jako „Piąty Sektor” (Fifth Sector). Narzucają oni z góry przebieg każdego meczu, odgrywając scenariusze i nakazując drużynom wygraną bądź celową porażkę. Działania Piątego Sektora całkowicie złamały ducha walki w młodych zawodnikach w całym kraju, odbierając im szczera radość z gry.
Tenma oraz jego nowi koledzy z zespołu postanawiają odmienić ten krzywdzący system i podjąć otwartą walkę przeciwko oprawcom. Na szczęście nie będą osamotnieni w tym buncie – z pomocą przychodzi im tajemnicza grupa oporu znana jako „Ruch Oporu” (Resistance). Kibicuj chłopcom z Inazuma Eleven GO w ich walce o prawdziwy, wolny futbol!
