Istnieją stworzenia ciemności i zła, które grasują nocą, pożerając każdego człowieka, który ma nieszczęście wpaść w ich sidła. Po drugiej stronie barykady stoi Hellsing – organizacja dedykowana niszczeniu tych nadprzyrodzonych sił, zagrażających samemu istnieniu ludzkości. Na jej czele stoi Integra Fairbrook Wingates Hellsing, która dowodzi potężnymi siłami zbrojnymi i poświęca życie walce z nieumarłymi.
Jednak ogromna armia Integry blednie w porównaniu z jej ostateczną bronią: wampirem Alucardem, który działa przeciwko własnemu gatunkowi jako eksterminator na usługach Hellsinga. Mając u boku swoją nową wampirzą sługę, Seras Victorię, Alucard musi walczyć nie tylko z potworami, ale także ze wszystkimi, którzy sprzeciwiają się Hellsingowi, niezależnie od tego, czy działają pod maską dobra, czy zła.
W walce o przetrwanie ludzkości, Hellsing Ultimate udowadnia, że pozory mogą mylić, a czasem najpotężniejsza broń przybiera postać najgorszego koszmaru.
