Minął rok od zniknięcia Shiro, Srebrnego Króla. Kurou Yatogami i Neko niestrudzenie go poszukują, jednak ich starania nie przynoszą dotąd żadnych efektów. W trakcie śledztwa trafiają na członków rozwiązanego już Czerwonego Klanu (HOMRA) – Rikio Kamamoto i Annę Kushinę. Para ta jest ścigana przez Zielony Klan, który pragnie przejąć unikalne moce Anny do własnych celów.
Członkowie organizacji Scepter 4 zostają wezwani do współpracy z Kurou i Neko, aby uratować Annę – maskotkę i jedyną kobietę w zrujnowanym Czerwonym Klanie – z rąk wroga. Mają również nadzieję, że dzięki zdolnościom dziewczynki uda im się w końcu odnaleźć Shiro. W samym środku kryzysu bohaterowie zostają wciągnięci w nową walkę o władzę, gdy Zielony Klan zaczyna zagrażać domenie Złotego Króla.
K: Missing Kings, będący drugim etapem projektu K Project, kontynuuje opowieść o chłopcu uwikłanym w wojnę nadprzyrodzonych mocy między siedmioma królami. Film ukazuje wewnętrzne zmagania bohaterów, którzy muszą odnaleźć sens życia i nową ścieżkę po stracie swoich dotychczasowych przywódców.
