Haruto Kirishima wiódł spokojne życie na wsi, z dala od pędu wielkiego miasta. Wszystko zmieniło się, gdy w jego świecie niespodziewanie pojawiła się Yuzuki Eba – dziewczyna, która przyjechała z Tokio, by na krótki czas zamieszkać u jego rodziny. Czas spędzony razem sprawił, że Haruto zakochał się w tych wspomnieniach, jednak Yuzuki równie nagle zniknęła z jego życia, pozostawiając go z mnóstwem pytań bez odpowiedzi.
Akcja Kimi no Iru Machi zaczyna się jakiś czas później, gdy Haruto przeprowadza się do Tokio, by zamieszkać ze swoją siostrą i podjąć naukę zawodu kucharza. W rzeczywistości jednak jego prawdziwym celem jest odnalezienie Yuzuki. Początki nie są jednak łatwe – tuż po przyjeździe zostaje wzięty za włamywacza i zaatakowany przez sąsiadkę swojej siostry, Asukę Mishimę. Gdy nieporozumienie zostaje wyjaśnione, uczucia chłopaka zaczynają się chwiać. Czy to Eba, która z pozoru bez powodu unika z nim kontaktu, jest tą jedyną, czy może jednak Asuka?
