Licealista Makoto Itou po raz pierwszy zauważa Kotonohę Katsurę na początku drugiego semestru pierwszej klasy. Natychmiast zostaje oczarowany jej urodą, ale nieśmiałość nie pozwala mu do niej zagadać, mimo że codziennie jeżdżą tym samym pociągiem. Zamiast tego potajemnie robi jej zdjęcie i ustawia je jako tapetę w swoim telefonie: to pewien przesąd, według którego, jeśli zachowa się to w tajemnicy, pomoże to w spełnieniu miłości. Jednak koleżanka z klasy, Sekai Saionji, zauważa zdjęcie. Zamiast go wydać, dziewczyna oferuje pomoc w zeswataniu go z Kotonohą – posuwając się nawet do zaprzyjaźnienia się z nią specjalnie dla niego. W ten sposób ta trójka rozpoczyna dość niespodziewaną znajomość.
School Days śledzi losy trójki nastolatków, którzy doświadczają radości i trudów związanych z życiem licealnym. W tej tętniącej życiem, przepełnionej romansem i melancholią historii, opowieść o tych uczniach pozostanie w pamięci na długo po jej pamiętnym zakończeniu.
