Shinji Ikari popada w stan emocjonalnego letargu po śmierci bliskiego przyjaciela. Ponieważ jego syn nie jest psychicznie zdolny do pilotowania humanoidalnego robota Evangelion Jednostka-01, NERV dowodzony przez Gendou Ikariego ściga się z tajną organizacją SEELE o to, kto pierwszy zrealizuje swój ostateczny plan. SEELE pragnie stworzyć boski byt poprzez scalenie własnych dusz z jednostką Evangeliona, podczas gdy Gendou chce sprowadzić całą ludzkość do formy jednego pierwotnego bytu, aby móc zjednoczyć się ze swoją zmarłą żoną, Yui.
SEELE rozpoczyna krwawy szturm na kwaterę główną NERV, wysyłając tam swoje siły zbrojne. Podczas gdy oddziały SEELE dziesiątkują naukowców i personel ochrony NERV, Asuka Langley Souryuu zasiada za sterami Evangeliona Jednostki-02, stawiając desperacki, ostatni opór przeciwko najcięższemu uzbrojeniu wroga.
Bitwa przybiera na sile, a pogrążony w depresji Shinji ukrywa się głęboko w trzewiach kwatery głównej NERV. Gdy los świata spoczywa w rękach chłopaka, kapitan Misato Katsuragi próbuje go odnaleźć, podczas gdy rzeczywistość wokół nich chyli się ku upadkowi.
