W roku 2015 minęła ponad dekada, odkąd ludzkość dotknęło katastrofalne wydarzenie znane jako Drugie Uderzenie. W czasie odbudowy nieliczni dowiedzieli się o istnieniu bytów zwanych Aniołami – kolosalnych, złowrogich istot mających na celu wywołanie Trzeciego Uderzenia i zgładzenie reszty ludzkości.
Wezwany do miasta Tokio-3 przez swojego ojca, Gendou Ikariego, nastoletni Shinji zostaje wrzucony w sam środek walki o przetrwanie ludzkości. Rozdzielony z ojcem od czasu śmierci matki, Shinji zakłada, że Gendou pragnie naprawić ich zniszczone więzi rodzinne; zamiast tego odkrywa, że został sprowadzony, by pilotować gigantyczną maszynę zdolną do walki z Aniołami – Evangeliona Jednostkę-01. Zmuszony do odpierania kolejnych ataków największego zagrożenia dla gatunku ludzkiego, młody chłopak zostaje wplątany w plan, który może na zawsze wpłynąć na przyszłość świata.
