Minęły dwa lata od nalotu CCG na Anteiku. Choć atmosfera w Tokio zmieniła się drastycznie z powodu rosnących wpływów CCG, ghule nadal stanowią problem, gdyż zaczęły zachowywać większą ostrożność – zwłaszcza terrorystyczna organizacja Drzewo Aogiri, która dostrzega rosnące zagrożenie dla swojego istnienia ze strony agencji.
Utworzenie specjalnego zespołu, znanego jako Oddział Quinx, może zapewnić CCG przewagę potrzebną do eksterminacji niechcianych mieszkańców Tokio. Jako ludzie, którzy przeszli operację umożliwiającą korzystanie ze specjalnych zdolności ghuli, biorą oni udział w misjach mających na celu wyeliminowanie tych niebezpiecznych stworzeń. Lider tej grupy, Haise Sasaki, to pół-ghul, pół-człowiek, wyszkolony przez słynnego inspektora klasy specjalnej, Kishou Arimę. Jednak w tym młodym mężczyźnie kryje się coś więcej, niż widać na pierwszy rzut oka, a nieznane wspomnienia szarpią jego umysł, powoli przypominając mu o osobie, którą kiedyś był.
