Kiedy zaginiony Zero Kiryuu wraca do Akademii Cross, Yuuki Cross odczuwa ulgę widząc go bezpiecznym, ale odkrywa, że Zero zmienił się pod wieloma względami. W rezultacie dokonanych wyborów, chłopak jest nękany przez wizje i stara się odkryć ich przyczynę – nieświadomy, że odpowiedzi mogą znajdować się znacznie bliżej, niż myśli.
Wkrótce także Yuuki zaczyna być dręczona przez upiorne halucynacje i szuka wyjaśnienia na temat swojej owianej tajemnicą przeszłości u jedynej osoby, która może wnieść nieco jasności: wampira Czystej Krwi, Kaname Kurana, który jest najbliższy jej sercu. Ale co się stanie, gdy prawda zostanie w końcu ujawniona?
