Ścigając zbiegłego alchemika o dziwnych mocach, bracia Edward i Alphonse Elric wpadają do nędznej doliny Milos. Milosianie to uciskana grupa, która dąży do odzyskania swojej świętej ziemi od Krety: militarystycznego kraju, który siłą zaanektował ich naród. W oku tego politycznego huraganu znajduje się dziewczyna o imieniu Julia Crichton, która z naciskiem pragnie, aby Milos odzyskało swoją siłę i ponownie stało się narodem pokoju.
Zapytając dziewczynę, Edward i Alphonse znajdują się w środku narastającego oporu, który wiąże się z użyciem właśnie tego przedmiotu, którego szukali przez cały czas – Kamienia Filozoficznego. Jednak ich przeszłe doświadczenia z kamieniem wywołują w nich opory i bracia niechętnie pomagają.
Ale gdy odkrywają sekrety stojące za intencjami Krety i jej wątpliwą historią, bracia zostają wciągnięci w bitwę między buntowniczym Milos, które pragnie wolności, a kreteńskim wojskiem, które dąży do absolutnej władzy.
