Pomimo pokonania Quinelli – pontifex Kościoła Aksjomatu – sytuacja wydaje się nie uspokajać. Po skontaktowaniu się ze światem rzeczywistym, Kazuto „Kirito” Kirigaya dowiaduje się, że Ocean Turtle – mega-pływak kontrolowany przez Rath – został zaatakowany. Z powodu nagłego zwarcia spowodowanego przez najeźdźców, Fluktulight Kirito zostaje uszkodzony, pozostawiając go w śpiączce. Czując niepewność co do ludzi w Kościele Aksjomatu, Alice zabiera nieprzytomnego Kirito z powrotem do ich rodzinnego miasta – Wioski Rulid, ignorując swoje wygnanie z powodu nierozgrzeszonej zbrodni. Teraz Alice prowadzi zwyczajne i spokojne życie w pobliżu wioski, czekając, aż Kirito się obudzi.
Tragedia jednak uderza, gdy Alice zauważa, że Mroczne Terytorium (Dark Territory) rozpoczęło inwazję na Imperium Ludzi (Human Empire). Ponownie przyjmując swój poprzedni pseudonim, Alice Synthesis Thirty, obiecuje pokonać Mroczne Terytorium, aby obronić świat, który Kirito i Eugeo tak ciężko pracowali, aby chronić.
