Utrata ukochanej osoby jest tak bolesna, że czasami można pragnąć ją wskrzesić – to słabość, którą wykorzystuje enigmatyczny Milenijny Hrabia. Aby stworzyć swoje mechaniczne bronie znane jako „Akuma”, używa on dusz zmarłych, które zostały przywołane z powrotem na ziemię. Gdy dusza zostanie umieszczona w Akumie, zostaje uwięziona na zawsze, a jedynym sposobem na jej ocalenie jest egzorcyzmowanie jej z naczynia przy użyciu broni anty-Akuma, zwanej „Innocence”.
Po spędzeniu trzech lat jako uczeń Generała Crossa, Allen Walker zostaje wysłany do Czarnego Zakonu – organizacji składającej się z tych, którzy są gotowi walczyć z Akumami i Milenijnym Hrabią – aby zostać oficjalnym Egzorcystą. Mając ramię, które służy jako jego Innocence, oraz przeklęte oko widzące cierpiące dusze wewnątrz Akum, Allen i jego towarzysze Egzorcyści muszą powstrzymać ostateczny plan Milenijnego Hrabiego: plan, który może doprowadzić do zniszczenia świata.
