U zarania XXI wieku magia, długo uważana jedynie za element folkloru i baśni, stała się usystematyzowaną technologią i jest wykładana jako umiejętność techniczna. W Pierwszym Liceum, instytucji kształcącej czarodziejów, uczniowie są dzieleni na dwie grupy na podstawie wyników egzaminów wstępnych: „Kwiaty” (Blooms), czyli ci, którzy uzyskali wysokie noty, trafiają do Pierwszego Potoku, podczas gdy „Chwasty” (Weeds) to uczniowie rezerwowi przydzieleni do Drugiego Potoku.
Mahouka Koukou no Rettousei śledzi losy rodzeństwa, Tatsuyi i Miyuki Shiba, którzy rozpoczynają naukę w Pierwszym Liceum. Po egzaminach genialna Miyuki zostaje przydzielona do Pierwszego Potoku, natomiast Tatsuya trafia do Drugiego. Choć jego wyniki z testów praktycznych i status „Chwasta” sugerują, że jest magicznie nieudolny, posiada on niezwykłą wiedzę techniczną, zdolności walki wręcz oraz unikalne techniki magiczne — co czyni Tatsuyę „Nieregularnym” w magicznym liceum.
