Czternaście lat po Trzecim Uderzeniu Ziemia jest postapokaliptycznym pustkowiem, ludzka cywilizacja leży w ruinie, a ludzie, których zna Shinji Ikari, są niemal nie do poznania. Uwięziony w Jednostce Evangelion-01, zostaje uratowany z kosmosu przez Asukę Langley Shikinami i Mari Illustrious Makinami, tylko po to, by odkryć, że jest więźniem WILLE, frakcji wojskowej dowodzonej przez jego byłą opiekunkę Misato Katsuragi. Zimni i gorzcy, jego byli sojusznicy patrzą na niego z podejrzliwością i odmawiają wsparcia, gdy musi pogodzić się z konsekwencjami swoich czynów.
Zraniony i zdezorientowany Shinji zostaje uratowany z rąk WILLE przez Rei Ayanami i odesłany do siedziby NERV. Tam spotyka i szybko zaprzyjaźnia się z enigmatycznym Kaworu Nagisą, który ofiarowuje mu ciepło i wgląd w stan wojny NERV z Aniołami. Ale krótka chwila wytchnienia dla Shinjiego i Kaworu przypada na przeddzień nowej bitwy, w której Shinji odkrywa, że jego wrogowie nie są już Aniołami, lecz byłymi towarzyszami. W tej gorzkiej konfrontacji, mającej zadecydować o przyszłości świata, Shinji przekona się na własnej skórze, że przeszłości naprawdę nie da się cofnąć.
