Edward Elric, młody, genialny alchemik, stracił wiele w swoim dwunastoletnim życiu: kiedy on i jego brat Alphonse próbują wskrzesić swoją zmarłą matkę poprzez zakazany akt transmutacji człowieka, Edward traci brata, a także dwie ze swoich kończyn. Dzięki swoim najwyższym umiejętnościom alchemicznym Edward wiąże duszę Alphonse’a z dużą zbroją.
Rok później Edward, awansowany już na Alchemika Stali (fullmetal alchemist) w służbie państwa, wyrusza w podróż ze swoim młodszym bratem, aby zdobyć Kamień Filozoficzny. Według legend, ten mityczny przedmiot jest zdolny do zwielokrotnienia zdolności alchemika, pozwalając im tym samym na unieważnienie fundamentalnego prawa alchemii: aby coś zyskać, alchemik musi poświęcić coś o równej wartości. Edward ma nadzieję skorzystać z zasobów wojska, aby odnaleźć legendarny kamień i przywrócić swoje i Alphonse’a ciała do normalności. Jednak bracia Elric wkrótce odkrywają, że legendarny kamień kryje w sobie coś więcej, niż się wydaje, ponieważ zostają wciągnięci w centrum znacznie mroczniejszej bitwy, niż kiedykolwiek mogli sobie wyobrazić.
