Miasto Akademickie (Academy City) w Japonii znajduje się na samym czele globalnego postępu naukowego. Oprócz tego, że pod względem technologicznym wyprzedza resztę świata o równe 30 lat, ponad trzy czwarte populacji tej niezwykłej metropolii stanowią uczniowie i studenci. Rozwijają oni swoje zdolności psychiczne jako tak zwani esperzy w licznych, wyspecjalizowanych placówkach. Wśród nich znajduje się Touma Kamijou – uczeń liceum posiadający najniższą, zerową rangę psychiczną (Level 0). Chłopak skrywa jednak tajemniczą siłę, której nie potrafi pojąć żaden naukowiec: „Imagine Breaker”, unikalną moc ukrytą w jego prawej dłoni, pozwalającą mu całkowicie negować wszelkie inne nadprzyrodzone zdolności.
To niezwykłe zaopatrzenie nie wpływa jednak w żaden sposób na codzienne życie Kamijou, który stara się po prostu funkcjonować jak zwyczajny nastolatek. Wszystko zmienia się diametralnie, gdy na balustradzie swojego balkonu spotyka Index Librorum Prohibitorum – ekscentryczną dziewczynę i zarazem młodą zakonnicę, która zakodowała w swojej pamięci sto trzy tysiące zakazanych, magicznych ksiąg (grimoirów). Przez tę niebezpieczną wiedzę Index stała się celem bezwzględnego polowania ze strony potężnych organizacji. Gdy na horyzoncie pojawiają się kolejni magowie pragnący skrzywdzić dziewczynę, Kamijou decyduje się bronić swojej nowej towarzyszki za wszelką cenę, wkraczając tym samym w nieznany, brutalny i fascynujący świat magii oraz religijnych sekretów.
