W roku 2035 w japońskim ośrodku badawczym dochodzi do tragicznego wypadku znanego jako „Rozbłysk” (The Burst). W jego wyniku powstaje niepowstrzymana, samoreplikująca się i pożerająca wszystko na swojej drodze biologiczna struktura znana jako „Materia” (Matter). Wijąca się wśród ruin zapór i obiektów wojskowych w wąwozie Kurobe, wroga Materia staje się celem oddziałów wojskowych próbujących zapobiec jej przedostaniu się do oceanu, a także najemników szukających prawdy o jej powstaniu.
Aiko Tachibana żyje pod stałą obserwacją medyczną po tym, jak jako jedna z nielicznych została uratowana z rejonu opanowanego przez Materię. Dnie spędza na powolnej rehabilitacji, zabijając czas składaniem papierowych samolocików. Jej monotonna codzienność w szkole zostaje jednak gwałtownie zaburzona wraz z przybyciem nowego ucznia, Yuuyi Kanzakiego, który bezmyślnie zaczyna wytyczać szereg nieścisłości dotyczących jej ciała. Dlaczego dziewczyna nigdy nie ulega żadnym obrażeniom i dlaczego nagle przestała potrzebować wózka inwalidzkiego? Yuuya twierdzi, że jej egzystencja kryje w sobie znacznie więcej, niż kiedykolwiek jej wmawiano, i że to ona jako jedyna posiada klucz do całkowitego powstrzymania Rozbłysku.
W obliczu rosnącego zainteresowania ze strony potężnych frakcji, Aiko i Yuuya muszą zebrać sojuszników i wyruszyć w niebezpieczną pielgrzymkę do samego serca zainfekowanego wąwozu, zanim pętla wokół nich się zaciągnie. Aby uciec przed depczącym im po piętach spiskiem, para musi stawić czoła Materii – wrogowi, który przelewa się niczym woda.
