Sezon Sailor Stars, podobnie jak sezon R, został wyraźnie podzielony na dwie osobne części fabularne:
Pierwsza część domyka i rozstrzyga niedokończone wątki z sezonu SuperS. Związana jest z ponownym zjednoczeniem pełnego zespołu Czarodziejek oraz powrotem Wojowniczek Zewnętrznego Układu Słonecznego: Haruki (Sailor Uranus), Michiru (Sailor Neptune), Setsuny (Sailor Pluto) oraz Hotaru (Sailor Saturn), która narodziła się na nowo jako niemowlę i błyskawicznie dorasta, by w obliczu nadciągającego widma zagłady pomóc w ostatecznym pokonaniu Królowej Nehellenii.
W drugiej, głównej części sezonu Usagi żegna się z Mamoru, który wyjeżdża na studia do Ameryki, pozostawiając ją ze smutkiem i tęsknotą. W tym samym czasie w Tokio pojawia się niezwykle popularny męski zespół idoli Three Lights, w skład którego wchodzą Seiya, Taiki oraz Yaten. Zmieniający się układ sił przynosi przerażające zagrożenie – potężną i bezwzględną Galaxię, która pragnie objąć władzę nad całą galaktyką poprzez bezlitosne odbieranie ludziom ich Gwiezdnych Ziaren (Star Seeds). W odpowiedzi na to niebezpieczeństwo do walki wkraczają trzy zupełnie nowe, tajemnicze czarodziejki – Sailor Starlights. Mają one własne, skrywane powody, by powstrzymać Galaxię, i na początku stanowczo odrzucają pomoc ze strony Sailor Moon i jej drużyny.
