Gen Kudou, wytwórca koto, uważa, że jego wnuk, Chika, który ma problemy z prawem, nigdy nie zrozumie głębi tradycyjnego instrumentu muzycznego. Próbując zrekompensować swoją naiwność i zrozumieć słowa swojego zmarłego dziadka, Chika próbuje dołączyć do szkolnego klubu koto w Tokise High School.
Mimo że klub pilnie potrzebuje członków, nowa przewodnicząca klubu, Takezou Kurata, niechętnie akceptuje podanie Chiki ze względu na jego złą reputację. Niemniej jednak, po zobaczeniu powagi i entuzjazmu Chiki, Takezou pozwala problematycznemu dziecku dołączyć, wraz z cudownym dzieckiem koto, Satową Houzuki i trzema energicznymi przyjaciółmi Chiki. Kono Oto Tomare! śledzi wesołą grupę muzyków, którzy aspirują do gry na krajowych zawodach.
