Po hucznym świętowaniu zwycięstwa nad mroczną organizacją Al-Thamen, Aladyn i jego towarzysze opuszczają gościnną Sindrię. Jednak wraz z końcem bitwy nadchodzi czas trudnych decyzji i pożegnań – drogi przyjaciół muszą się rozejść. Hakuryuu oraz Kougyoku otrzymują rozkaz powrotu do ojczystego Imperium Kou, by zmierzyć się z wewnętrznymi niepokojami kraju. Tymczasem Aladyn ogłasza, że jego celem jest Magnostadt – tajemnicze państwo rządzone wyłącznie przez magów. Pragnie tam nie tylko zgłębić sekrety magii i stać się potężniejszym Magi, ale także zbadać niepokojące sygnały docierające z tego odizolowanego królestwa.
Zainspirowani determinacją Aladyna, Alibaba i Morgiana również wyruszają w swoją stronę, by realizować własne cele: Alibaba pragnie doskonalić swoje umiejętności szermiercze w Colosseum w Reim, a Morgiana rusza w podróż do ojczyzny swoich przodków, Dark Continent, by odnaleźć korzenie ludu Fanalis.
Magi: The Kingdom of Magic śledzi losy rozdzielonych przyjaciół, z których każdy stawia czoła własnym demonom i wyzwaniom w najodleglejszych zakątkach świata. Jednak podczas gdy oni trenują i odkrywają prawdę o sobie, nad horyzontem gromadzą się czarne chmury. Konflikt między mocarstwami narasta, a widmo wielkiej wojny, która może pochłonąć wszystkie narody, staje się coraz bardziej realne. Aladyn szybko odkrywa, że w Magnostadt pod maską utopii kryje się mroczna tajemnica, która może doprowadzić do ostatecznego upadku ludzkości.
