Rok po wydarzeniach w Sanktuarium, Subaru Natsuki ciężko trenuje, aby lepiej stawić czoła przyszłym wyzwaniom. Spokojne dni dobiegają końca, gdy Emilia otrzymuje zaproszenie na spotkanie w Wodnym Mieście Priestella od nikogo innego, jak Anastasii Hoshin, jednej z jej rywalek w królewskiej selekcji. Biorąc pod uwagę znaczenie spotkania i potencjalne niebezpieczeństwa, z którymi może się zmierzyć Emilia, Subaru i jego przyjaciele towarzyszą jej.
Jednak, gdy Subaru ponownie nawiązuje kontakt ze starymi współpracownikami i towarzyszami w Priestelli, pojawiają się nowi, potężni wrogowie. Kierując się fanatycznymi motywacjami i angażując w bezwzględne metody, aby osiągnąć swoje ambicje, nowy wróg obiera sobie za cel Emilię i zagraża samemu istnieniu miasta. Zbiera sojuszników, Subaru musi po raz kolejny dać z siebie wszystko, aby powstrzymać ich nikczemne cele przed staniem się konkretną rzeczywistością.
