Pod koniec XIX wieku, gdy dobiegły końca okrutne czasy okresu Bakumatsu, nowa era Meiji oznaczała wiek odbudowy Japonii. Wraz z zakończeniem wojny jego niesławny bohater Hitokiri Battousai rozpłynął się w powietrzu, pozostawiając za sobą tylko swoją legendę.
Po latach pozornie zwykły wędrowiec o imieniu Kenshin Himura spotyka Kaoru Kamiya, właściciela walczącego lokalnego dojo w Tokio. Kaoru ściga samozwańczego Battousai, który wędruje po ulicach, bezkrytycznie zabijając obywateli i policjantów. Co więcej, wojownik twierdzi, że używa Kamiya Kasshin-ryu – stylu miecza opracowanego przez ojca Kaoru głęboko zakorzenionego w istocie życia, a nie śmierci.
Kenshin postanawia pomóc Kaoru zdjąć oszusta i przywrócić dojo ojca. Bez wiedzy wszystkich, Kenshin jest nikim innym jak prawdziwym wojownikiem, którego nazwisko wciąż przeraża ludzi. Chociaż Kaoru w końcu dowiaduje się prawdy, jego przysięga odpokutować za swoją morderczą historię, bezkrwawie chroniąc słabe porusza ją, a ona wita Kenshin, aby pozostać w swoim dojo. Jednak ideały Kenshina są wkrótce kwestionowane przez duchy przeszłości i wrogów teraźniejszości.
