Po roku spędzonym w Ameryce Kurisu Makise wraca do Akihabary i ponownie spotyka się z Rintarou Okabe. Ich spotkanie zostaje jednak przerwane, gdy Okabe zaczyna doświadczać nawracających przebłysków z innych linii czasowych, a konsekwencje jego podróży w czasie zaczynają się ujawniać. Te skutki uboczne ostatecznie kończą się nagłym zniknięciem Okabe ze świata, a jedynie zaskoczona Kurisu pamięta jego istnienie. Pogrążona
w rozpaczy Kurisu staje przed niezwykle trudnym wyborem, który wystawi na próbę zarówno jej obowiązek naukowca, jak i lojalność jako przyjaciółki: posłuchać rady Okabe i unikać podróży w czasie, aby uniknąć potencjalnych konsekwencji, jakie mogą one mieć dla linii świata, czy zignorować ją i uratować osobę, którą kocha najbardziej. Niezależnie od jej decyzji, ścieżka, którą wybierze, wpłynie na przeszłość, teraźniejszość i przyszłość.
