Ekscentryczny naukowiec Rintarou Okabe ma nieskończone pragnienie naukowych eksploracji. Wraz ze swoją roztrzepaną, ale pełną dobrych intencji przyjaciółką Mayuri Shiiną i współlokatorem Itaru Hashidą, Okabe zakłada Laboratorium Gadżetów Przyszłości z nadzieją na stworzenie technologicznych innowacji, które zdumiewają ludzką psychikę. Pomimo twierdzeń o swojej wielkości, jedynym godnym uwagi „gadżetem”, jaki stworzyli, jest kuchenka mikrofalowa o tajemniczej mocy zamieniania bananów w zieloną maź.
Jednak gdy Okabe bierze udział w konferencji poświęconej podróżom w czasie, doświadcza serii dziwnych zdarzeń, które prowadzą go do przekonania, że gadżet „Telefon Mikrofalowy” kryje w sobie coś więcej, niż się wydaje na pierwszy rzut oka. Okabe, który najwyraźniej potrafi wysyłać SMS-y w przeszłość za pomocą mikrofalówki, eksperymentuje z „wehikułem czasu”, ściągając na siebie gniew i uwagę tajemniczej organizacji SERN.
Z powodu nowatorskiego odkrycia, Okabe i jego przyjaciele znajdują się w ciągłym niebezpieczeństwie. Starając się złagodzić szkody, jakie jego wynalazek wyrządził osi czasu, Okabe toczy walkę nie tylko o uratowanie bliskich, ale także o zachowanie swojego popadającego w ruinę zdrowego rozsądku.
