W Academy City, gdzie nadprzyrodzone zdolności są częścią codziennej nauki, pokój w mieście jest podtrzymywany przez niewidzialną siłę – ciemną stronę. Wśród tajnych agentów jest ITEM, czteroosobowa jednostka elitarna. Dzięki zdolnościom śledzącym Rikou Takitsubo, wybuchowej wiedzy Frendy Seivelun, nieprzeniknionej obronie Saiai Kinuhata i przytłaczającej mocy Shizuri Mugino jako jednej z siedmiu esperów Academy City na poziomie 5, poruszają się po podbrzuszu miasta, podejmując tajne misje, które nigdy nie trafiają na pierwsze strony gazet.
W miarę rozwoju ich ostatniego zadania zespół porusza się precyzyjnie, nieświadomy, że ich działania przygotowują scenę do tragedii, która sprawdzi ich więzy zaufania, przyjaźni i przetrwania w bezlitosnej ciemności Academy City.
