Wracając z wakacji, uczniowie Klasy 3-E z prestiżowego Gimnazjum Kunugigaoka stają w obliczu wyzwań, które wydają się wręcz niemożliwe do pokonania. Widmo całkowitej zagłady świata staje się coraz bardziej realne, zmuszając ich do wymyślania coraz bardziej skomplikowanych i kreatywnych sposobów na zgładzenie swojego nauczyciela – podstępnego, a zarazem pełnego optymizmu i nieskończonej życzliwości Koro-sensei.
Jednak wyeliminowanie wychowawcy to nie jedyny cel, który spędza sen z powiek uczniom. Gakuhou Asano, bezwzględny i okrutny dyrektor akademii, stara się za wszelką cenę udaremnić sukces Klasy 3-E, prażąc mózgi swoim pozostałym pilnym podopiecznym i zmieniając ich w bezlitosne, rywalizujące maszyny do nauki. W powietrzu gęstnieje wrogość, gdy zdrajcy oraz profesjonalni zabójcy próbują na własną rękę zgarnąć astronomiczną nagrodę wyznaczoną za głowę Koro-sensei.
Nagisa Shiota, jeden z najbardziej utalentowanych zabójców w Klasie 3-E, znajduje się w samym centrum nadchodzącego konfliktu. Podczas gdy walczy o utrzymanie swoich wyników w nauce i próbuje zapobiec końcowi świata, skomplikowane problemy rodzinne stawiają pod znakiem pytania jego dalszy pobyt w klasie. Wraz z oddanymi koleżankami i kolegami mus stawić czoła wszystkim zagrożeniom twarzą w twarz.
