W postapokaliptycznym świecie ostatnią ludzką osadą w Japonii jest silnie ufortyfikowane miasto Tokio-3. Czternastoletni Shinji Ikari zostaje przeniesiony do siedziby NERV, podziemnej organizacji kierowanej przez jego ojca, Gendou, z którym nie utrzymuje kontaktów. Prosi Shinjiego, aby został pilotem „Evangeliona”, kolosalnego androida stworzonego do walki z potwornymi i niszczycielskimi istotami z kosmosu, znanymi jako „Anioły”, które sieją spustoszenie na planecie i zagrażają przetrwaniu pozostałej ludzkości.
Choć początkowo niechętny, Shinji ulega pokusie pojednania z ojcem i zgadza się pomóc ludzkości w jej niebezpiecznej misji walki z obcym zagrożeniem, jako pilot Jednostki Evangelion-01. Wrzucony w sam środek niebezpiecznego pola bitwy, Shinji musi znaleźć w sobie odwagę i determinację, by stawić czoła inwazjom Aniołów, zanim będzie za późno.
