Budząc się w równoległej wersji miasta Fuyuki, Illyasviel „Illya” von Einzbern czuje się zagubiona i samotna. Odkrywa, że jej dom leży w ruinie, a w centrum miasta znajduje się ogromny krater. Padający w środku lata śnieg ogarnia młodą uczennicę szkoły podstawowej, która nie wie, gdzie mogą być jej przyjaciele ani jej różdżka Ruby.
Docierając do ruin domu, zostaje nagle zaatakowana przez dziewczynkę z amnezją. Ubrana w strój sportowy, w mroźnym klimacie, tajemnicza dziewczyna nie ma pojęcia, gdzie jest ani dlaczego się pojawiła. Jednak ta nieznajoma, znana jako Tanaka, najwyraźniej posiada informacje o miejscu pobytu Rin Toosaki, Miyu Edelfelt i pozostałych zaginionych przyjaciół Illyi.
Uciekając przed agentami rodziny Ainsworth—kontrolującymi tę równoległą krainę — dokąd trafią te dwie osoby i w jaki sposób Illya przywróci teraźniejszość światu, jaki kiedyś znała?
