Death City jest siedzibą słynnej Akademii Mistrzów Broni Śmierci (Shibusen) – technicznej uczelni prowadzonej przez samego Shinigami, Lorda Śmierć. Jej misja: wyszkolić Kosy Śmierci, którymi Shinigami będzie mógł władać w walce z licznymi siłami zła w ich fantastycznym świecie. Te Kosy Śmierci nie są jednak wykonane ze stali; rodzą się one z ludzkich hybryd, które mają zdolność przekształcania swoich ciał w Demoniczną Broń. Mogą jednak osiągnąć swój ostateczny poziom dopiero po pochłonięciu 99 dusz złych istot i jednej duszy czarownicy.
Soul Eater Evans, Demoniczna Kosa, który zdaje się dbać tylko o to, co jest „cool”, dąży do zostania Kosą Śmierci z pomocą swojej niezwykle sumiennej mistrzyni, Maki Albarn. Ten kontrastujący ze sobą duet pracuje i uczy się u boku krewkiego Black☆Stara i jego opiekuńczej broni Tsubaki, a także u boku syna samego Shinigami – Death the Kida, cierpiącego na nerwicę natręctw użytkownika dwóch pistoletów, Patty i Liz.
Wypełniając misje polegające na zbieraniu dusz i chronieniu miasta przed zagrożeniami, uczniowie Shibusen współpracują pod okiem szyderczo uśmiechniętego słońca, by stać się zdrowszymi na umyśle, ciele i duszy.
