Po przegranym pierwszym meczu baseballowym Little Busters, drużyna postanawia urządzić imprezę z naleśnikami. Minął prawie semestr od powrotu Kyousuke Natsume. Jak zwykle, Riki Naoe nadal pomaga członkom Little Busters – zarówno starym, jak i nowym – w konfrontacji z wewnętrznymi zmaganiami. Jednak zaczynają dziać się dziwne rzeczy, które zbliżają Rin Natsume i Rikiego do odkrycia prawdy kryjącej się za „sekretem tego świata”.
Rin i Rikki nie zdają sobie sprawy, że ich odkrycie raz na zawsze odmieni spokojne, codzienne życie Little Busters. „ Little Busters!: Refrain” to zwieńczenie barwnych historii obsady – naznaczonych ciężarem emocji i wzmocnionych więzią przyjaźni – gdy bohaterowie zmagają się ze swoimi żalami i słabościami.
