Ekscentryczny, samozwańczy szalony naukowiec Rintarou Okabe stał się cieniem samego siebie. Przygnębiony i zszokowany po nieudanej próbie uratowania przyjaciela Makise Kurisu, postanowił porzucić swoje alter ego szalonego naukowca i żyć jako zwyczajny student. Otoczony przyjaciółmi, którzy niewiele wiedzą o jego doświadczeniach z podróżami w czasie, Okabe spędza dni, próbując w samotności zapomnieć o horrorach swoich przygód.
Pracując jako recepcjonista na uniwersyteckim forum technologicznym, Okabe spotyka niskiego, zadziornego Maho Hiyajo, który
później okazuje się być tłumaczem podczas prezentacji forum prowadzonej przez profesora Alexisa Leskinena. Przed oszołomionym tłumem Alexis i Maho prezentują Amadeusa — rewolucyjną sztuczną inteligencję zdolną do przechowywania wspomnień danej osoby i tworzenia idealnej symulacji tej osoby, wraz z jej osobowością i dziwactwami. Spotykając się z Maho i Alexis po prezentacji, Okabe dowiaduje się, że byli kolegami Kurisu z uniwersytetu i że stworzyli jej symulację w Amadeus. Zatrudniony przez Alexis do zbadania zachowania symulacji, Okabe otrzymuje szansę interakcji z cieniem dawno niewidzianego, drogiego przyjaciela. Niebezpiecznie uwikłany w przeszłość, Okabe musi zmierzyć się z brutalną rzeczywistością i ostrożnie lawirować między katastrofalnymi konsekwencjami zakłócenia naturalnego biegu czasu.
