Trzeci sezon Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e (Classroom of the Elite) przenosi klasę D, która zyskała już miano klasy C, w decydującą fazę roku szkolnego.
Po powrocie do szkoły Ayanokōji Kiyotaka i jego sojusznicy muszą stawić czoła serii intryg i skomplikowanych testów specjalnych, które zagrażają ich rosnącej pozycji. Najważniejszym z nich jest Egzamin Sondażowy Klasy, w którym uczniowie muszą głosować za pochwałą lub krytyką swoich kolegów, a negatywne głosy mogą prowadzić do wydalenia. Dla Ayanokōjiego jest to ostateczny test umiejętności manipulowania klasą i usuwania niepotrzebnych elementów.
Jednocześnie na światło dzienne wychodzą pilnie strzeżone sekrety:
Honami Ichinose z klasy B staje w obliczu plotek na temat swojej przeszłości, które mogą zniszczyć jej reputację i doprowadzić do upadku klasy B. Ayanokōji musi zdecydować, czy interweniować, a jeśli tak, to w jakim celu.
Ryūen Kakeru i Arisu Sakayanagi kontynuują swoją otwartą i zakulisową wojnę, a Ayanokōji pozostaje w centrum ich uwagi. Rywalizacja z geniuszką z klasy A, która zna jego przeszłość z Białego Pokoju, staje się coraz bardziej osobista i bezpośrednia.
W miarę jak rok szkolny dobiega końca, stawka rośnie, a Ayanokōji musi wykorzystać cały swój intelekt i sieć wpływów, aby zabezpieczyć miejsce klasy C, chronić kluczowe pionki i utrzymać swoją pożądaną anonimowość, jednocześnie wciągając w mroczną grę nowych graczy. Kto zostanie wydalony? Czy klasa C utrzyma kurs na awans? I jak daleko Ayanokōji posunie się, aby udowodnić swoją wyższość?
