Usagi Tsukino i jej przyjaciółki żyją w spokoju do czasu, gdy znów muszą powrócić do roli Czarodziejek z Księżyca – astrologicznych wojowniczek walczących o pokój w galaktyce. Usagi, znana również jako Sailor Moon, ponownie staje na czele grupy, gdy pojawia się nowe zagrożenie spoza gwiazd: An i Ail, dwójka ocalałych przedstawicieli obcej rasy. Aby uratować źródło swojej siły życiowej – Drzewo Makai – zaczynają oni pozyskiwać energię od nieświadomych niczego ludzi. Czarodziejki muszą udaremnić ich spisek, by uchronić Ziemię przed całkowitą zagładą.
Gdy jedno niebezpieczeństwo żegna się ze światem, nadchodzi kolejne – tym razem pod postacią małej dziewczynki z przyszłości, która poszukuje źródła mocy Sailor Moon, by uratować swoją rodzinę. Nie jest jednak jedyną osobą, która próbuje je zdobyć. Grupa znana jako Bractwo Czarnego Księżyca również pragnie przejąć tę potęgę i wykorzystać ją do swoich godnych potępienia celów. Aby chronić swoje przeznaczenie oraz harmonię całego wszechświata, Sailor Moon wraz z pozostałymi Czarodziejkami muszą stanąć do walki i powstrzymać te wrogie siły.
